「コードの代償」は、大手IT企業「フューチャーテック」のエリートプログラマー佐藤誠が、自社の開発する監視システムが政府と連携して市民のプライバシーを侵害していることを発見するところから始まる。 物語は誠が内部告発を決意した後の取り調べ室での回想形式で展開される。彼は妻の美咲と8歳の娘陽菜との平穏な生活を送っていたが、担当プロジェクトのコードに隠された不正な機能に気づき、良心の呵責に苦しみ始める。 親友であり同僚の中村健太に相談した誠は、証拠を集め始めるが、上司の山田剛から監視されていることに気づく。家族の安全を心配しながらも、テクノロジージャーナリストの鈴木真理子と接触し、内部告発の準備を進める。 会社側の圧力が強まり、誠は家族の安全と社会的正義の間で苦悩する。妻の美咲は最初は反対するものの、最終的に夫の決断を支持する。証拠を公開する直前、会社は誠に対して昇進と高額な報酬を提示するが、娘の未来を思い、彼は告発を実行する。 告発後、誠は職を失い法的な脅威にも直面するが、彼の勇気ある行動は社会に大きな波紋を広げ、テクノロジー企業の倫理と監視社会の問題に対する国民的議論を巻き起こす。物語は、個人の良心と社会的責任、家族への愛と正義の追求という普遍的なテーマを、現代のテクノロジー社会という文脈で深く掘り下げる。
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